U Odeljenju za kontrolu državne pomoći, Stručnoj službi Komisije, obavljaju se stručni poslovi iz nadležnosti Komisije, koji se odnose na: utvrđivanje postojanja i ocenu usklađenosti državne pomoći sa pravilima o dodeli državne pomoći u postupku prethodne i naknadne kontrole; predlaganje upravnih mera koje izriče Komisija; postupanje po zahtevu stranaka za prethodnu kontrolu državne pomoći; pripremu predloga mišljenja i obaveštenja o usklađenosti nacrta i predloga propisa sa pravilima za dodelu državne pomoći; pripremu predloga obaveštenja o obavezi i načinu usklađivanja propisa sa pravilima o dodeli državne pomoći; obradu prijave državne pomoći; obaveštavanje davalaca državne pomoći po njihovim zahtevima o potrebi prijave državne pomoći Komisiji; pripremu predloga rešenja, zaključaka i drugih akata u prethodnoj i naknadnoj kontroli; obaveštavanje nadležnih organa, institucija i službi u Republici Srbiji o donetim odlukama Komisije; razmatranje inicijative za pokretanje postupka naknadne kontrole i obaveštavanje podnosioca inicijative; pružanje stručne podrške davaocima državne pomoći, odnosno predlagačima propisa prilikom izrade propisa koji predstavljaju osnov za dodelu državne pomoći; izradu nacrta podzakonskih akta koje donosi Vlada RS i izradu predloga podzakonskih akta koje donosi Komisija; preduzimanje radnji u upravnom postupku radi potpunog i pravilnog utvrđivanja činjeničnog stanja i pribavljanje podataka, isprava i stvari i vršenje uviđaja; vođenje evidencije o prijavljenoj i dodeljenoj državnoj pomoći; učestvovanje u radu pregovaračkih grupa u procesu pregovora Republike Srbije o pristupanju EU; praćenje regulative Evropske unije u oblasti državne pomoći radi usklađivanja domaćeg zakonodavstva sa tim pravilima; analiziranje primene važećih propisa u oblasti kontrole državne pomoći i predlaganje njihovog unapređenja u odnosu na relevantne propise EU; pripremu uputstava i instrukcija za primenu propisa u oblasti kontrole državne pomoći; vođenje registra državne pomoći i de minimis pomoći; sprovođenje sektorskih analiza; sprovođenje sektorske analize određene vrste pomoći, njenih efekata na razvoj određene grane privrede ili tržišta po zahtevu Vlade; izradu izveštaja na osnovu sprovedenih analiza; izradu godišnjih izveštaja iz nadležnosti Komisije; pripremu i realizaciju međunarodnih projekata i programa; komunikaciju i saradnju sa međunarodnim organima i organizacijama; praćenje obaveza koje proističu iz članstva u međunarodnim i regionalnim institucijama i organizacijama; izradu i ažuriranje publikacija namenjenih zaposlenima u organima državne uprave i drugim organima, a koje se odnose na nadležnost Komisije; obavljanje i drugih poslova iz nadležnosti Komisije.
U Odeljenju za kontrolu državne pomoći – STRUČNOJ SLUŽBI obrazovane su dve uže unutrašnje organizacione jedinice:
- Grupa za normativne poslove i analizu državne pomoći;
- Grupa za ocenu usklađenosti državne pomoći i izveštavanje.