Stručnom i pratećom službom rukovodi sekretar koga postavlja Savet na pet godina. Za sekretara može biti postavljeno lice koje ima završen fakultet, ispunjava opšte uslove za rad u državnim organima, ima položen državni stručni ispit, ima iskustva u rukovođenju i radu u državnim organima i najmanje sedam godina iskustva u struci.
Na osnovu Odluke Saveta Komisije za kontrolu državne pomoći od 21. novembra 2025. godine, za sekretara Komisije postavljena je Mina Rakić.