У Одељењу за контролу државне помоћи, Стручној служби Комисије, обављају се стручни послови из надлежности Комисије, који се односе на: утврђивање постојања и оцену усклађености државне помоћи са правилима о додели државне помоћи у поступку претходне и накнадне контроле; предлагање управних мера које изриче Комисија; поступање по захтеву странака за претходну контролу државне помоћи; припрему предлога мишљења и обавештења о усклађености нацрта и предлога прописа са правилима за доделу државне помоћи; припрему предлога обавештења о обавези и начину усклађивања прописа са правилима о додели државне помоћи; обраду пријаве државне помоћи; обавештавање давалаца државне помоћи по њиховим захтевима о потреби пријаве државне помоћи Комисији; припрему предлога решења, закључака и других аката у претходној и накнадној контроли; обавештавање надлежних органа, институција и служби у Републици Србији о донетим одлукама Комисије; разматрање иницијативе за покретање поступка накнадне контроле и обавештавање подносиоца иницијативе; пружање стручне подршке даваоцима државне помоћи, односно предлагачима прописа приликом израде прописа који представљају основ за доделу државне помоћи; израду нацрта подзаконских акта које доноси Влада РС и израду предлога подзаконских акта које доноси Комисија; предузимање радњи у управном поступку ради потпуног и правилног утврђивања чињеничног стањa и прибављање података, исправа и ствари и вршење увиђаја; вођење евиденције о пријављеној и додељеној државној помоћи; учествовање у раду преговарачких група у процесу преговора Републике Србије о приступању ЕУ; праћење регулативе Европске уније у области државне помоћи ради усклађивања домаћег законодавства са тим правилима; анализирање примене важећих прописа у области контроле државне помоћи и предлагање њиховог унапређења у односу на релевантне прописе ЕУ; припрему упутстава и инструкција за примену прописа у области контроле државне помоћи; вођење регистра државне помоћи и de minimis помоћи; спровођење секторских анализа; спровођење секторске анализе одређене врсте помоћи, њених ефеката на развој одређене гране привреде или тржишта по захтеву Владе; израду извештаја на основу спроведених анализа; израду годишњих извештаја из надлежности Комисије; припрему и реализацију међународних пројеката и програма; комуникацију и сарадњу са међународним органима и организацијама; праћење обавеза које проистичу из чланства у међународним и регионалним институцијама и организацијама; израду и ажурирање публикација намењених запосленима у органима државне управе и другим органима, а које се односе на надлежност Комисије; обављање и других послова из надлежности Комисије.
У Одељењу за контролу државне помоћи – СТРУЧНОЈ СЛУЖБИ образоване су две уже унутрашње организационе јединице:
- Група за нормативне послове и анализу државне помоћи;
- Група за оцену усклађености државне помоћи и извештавање.