Одељење за контролу државне помоћи, као Стручна служба Комисије обавља стручне послове из надлежности Комисије, који се односе на:
- оцену постојања и усклађености државне помоћи са правилима о додели државне помоћи у поступку претходне и накнадне контроле;
- контролу наменског коришћења додељене државне помоћи;
- предлагање управних мера које изриче Комисија; поступање по захтеву странке за претходну контролу државне помоћи;
- припрему предлога мишљења о усклађености нацрта и предлога прописа са правилима за доделу државне помоћи;
- обраду пријаве државне помоћи;
- обавештавање давалаца државне помоћи по њиховим захтевима о потреби пријаве државне помоћи Комисији;
- припрему предлога решења, закључака и других аката у претходној и накнадној контроли;
- обавештавање надлежних органа, институција и служби у Републици Србији о донетим одлукама Комисије;
- разматрање иницијативе за покретање поступка накнадне контроле и обавештавање подносиоца иницијативе;
- стручну подршку даваоцима државне помоћи, односно предлагачима прописа приликом израде прописа који представљају основ за доделу државне помоћи;
- припрему подзаконских аката која доноси Комисија;
- припрему предлога подзаконских аката које доноси Влада; спровођење свих доказних радњи у поступку ради потпуног и правилног утврђивања чињеничног стања; вођење евиденције о пријављеној и додељеној државној помоћи;
- процес преговора Републике Србије о приступању ЕУ;
- праћење регулативе Европске уније у области државне помоћи ради усклађивања домаћег законодавства са тим правилима;
- припрему упутстава и инструкција за примену прописа у области контроле државне помоћи;
- вођење регистра додељене државне помоћи и de minimis помоћи;
- спровођење секторских анализа;
- спровођење секторске анализе одређене врсте помоћи, њених ефеката на развој одређене гране привреде или тржишта по захтеву Владе;
- израду извештаја на основу спроведених анализа; вођење евиденције предмета; обављање других послова из надлежности Комисије.
Радом одељења руководи руководилац одељења.