У Одељењу за контролу државне помоћи, Стручној служби Комисије обављају се стручни послови из надлежности Комисије, који се односе на: утврђивање постојања и оцену усклађености државне помоћи са правилима о додели државне помоћи у поступку претходне и накнадне контроле; контролу наменског коришћења додељене државне помоћи; предлагање управних мера које изриче Комисија; поступање по захтеву странке за претходну контролу државне помоћи; припрему предлога мишљења о усклађености нацрта и предлога прописа са правилима за доделу државне помоћи; припрему предлога обавештења о обавези и начину усклађивања прописа са правилима о додели државне помоћи; обраду пријаве државне помоћи; обавештавање давалаца државне помоћи по њиховим захтевима о потреби пријаве државне помоћи Комисији; припрему предлога решења, закључака и других аката у претходној и накнадној контроли; обавештавање надлежних органа, институција и служби у Републици Србији о донетим одлукама Комисије; разматрање иницијативе за покретање поступка накнадне контроле и обавештавање подносиоца иницијативе; стручну подршку даваоцима државне помоћи, односно предлагачима прописа приликом израде прописа који представљају основ за доделу државне помоћи; припрему подзаконских аката које доноси Комисија и предлога подзаконских аката које доноси Влада; спровођење свих доказних радњи у поступку ради потпуног и правилног утврђивања чињеничног стања; вођење евиденције о пријављеној и додељеној државној помоћи; процес преговора Републике Србије о приступању ЕУ; праћење регулативе Европске уније у области државне помоћи ради усклађивања домаћег законодавства са тим правилима; припрему упутстава и инструкција за примену прописа у области контроле државне помоћи; вођење регистра додељене државне помоћи и de minimis помоћи; спровођење секторских анализа; спровођење секторске анализе одређене врсте помоћи, њених ефеката на развој одређене гране привреде или тржишта по захтеву Владе; израду извештаја на основу спроведених анализа; израду годишњих извештаја из надлежности Комисије; вођење евиденције предмета; обављање других послова из надлежности Комисије.
Радом одељења руководи руководилац одељења.