Стручном и пратећом службом руководи секретар кога поставља Савет на пет година. За секретара може бити постављено лице које има завршен факултет, испуњава опште услове за рад у државним органима, има положен државни стручни испит, има искуства у руковођењу и раду у државним органима и најмање седам година искуства у струци. Марта 2020. године на место секретара Комисије постављен је Лука Милошевић.