Стручном и пратећом службом руководи секретар кога поставља Савет на пет година. За секретара може бити постављено лице које има завршен факултет, испуњава опште услове за рад у државним органима, има положен државни стручни испит, има искуства у руковођењу и раду у државним органима и најмање седам година искуства у струци.
На основу Одлуке Савета Комисије за контролу државне помоћи од 14. јула 2025. године, за вршиоца дужности секретара Комисије постављена је Мина Ракић.